顾宪成重建东林书院的本意是研究学术，但注定不会离开历史这个大舞台。东林党第一次被牵进政局是汪文言狱，后因杨涟、左光斗案达到高潮，重返政治斗争的中心，之后成为明末政坛的一支主力。
汪文言最初其实也并非什么正气大侠，靠行贿获得国子监生（相当于现在的党校文凭），积极参与党争，用计破齐、楚、浙三党，后来结交上大太监王安，与刘一爆等重臣都有结交。结果魏忠贤杀王安，将汪文言也视为党羽，所以汪文言开始投奔东林党寻求保护。首辅叶向高比较器重他，用为中书舍人，工作中与韩煻、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗等东林高官过从甚密。当时魏忠贤一直想捣毁东林党，但苦于东林众人势大，找不到突破口。结果东林党内部出了叛徒，左都御史高攀龙的学生阮大铖、魏大中争夺吏科都给事中的位置，众人都认为阮大铖虽然才华横溢，但是人品不高，于是举荐了魏大中。其实大家也没亏待阮大铖，还是会推他为工科都给事中，品秩一样，只是排序稍靠后。结果阮大铖就不干了，去找到魏忠贤运作，魏忠贤代表皇帝否决了会推结果，另觅亲信官员重新会推，使阮大铖得偿所愿。东林党认为阮大铖依附魏忠贤，极为厌恶，合力攻忤，最终阮大铖正式投向阉党。