高昌平后，如何处置，又是一场争议。唐太宗主张以高昌置为州县，号西昌州。魏徵反对，理由是既难戍守又耗钱财，不如立其子以笼络人心。然而，唐太宗没有采纳。接着褚遂良上疏除了重弹魏徵的老调以外，建议“宜择高昌可立者立之，召首领悉还本土，长为藩翰”,结果是“书闻不省”,也被唐太宗默然地拒绝了。
一向对魏徵言听计从的唐太宗，为什么一反常态，坚持己见呢?这与他的统一西域的雄心是分不开的。在这个问题上，无疑唐太宗是正确的。尔后将高昌行政区域划归唐王朝版图， “改西昌州为西州，更置安西都护府，岁调千兵，谪罪人以戍”。
贞观十六年，他任命郭孝恪为安西都护、西州刺史，州治为高昌旧都。并“流徙罪人与镇兵”混杂戍守，由于地处沙碛，隔绝中国，戍兵怨苦，“孝恪推诚抚御，尽得其欢心”。可见，唐太宗任用得人，也说明他对高昌设州的重视。因为西域自汉以来就是中国的领土，唐太宗平定高昌是他从事统一西域的重要组成部分。高昌的统一，扩大了唐王朝的西部疆域，“于是唐地东极于海，西至焉耆，南尽林邑，北抵大漠，皆为州县，凡东西九千五百一十里，南北一万九百一十八里。”