曹操得势后，孔融老毛病不改，又跟曹操作对。官渡之战，前方本就吃紧，孔融还在后方大唱反调蛊惑人心，搞得曹操十分不快。要不是忙于打仗，曹操的刀早就架到孔融脖子上了。
曹军攻进邺城，曹操的儿子曹丕看上了倾国之色的袁熙之妻甄氏，便顺手收编了。孔融得知后为挖苦曹操，特意给曹操写了一封信，说当年武王伐纣得胜之后把妲己赐给周公。曹操开始还没明白孔融的意思，居然认真地去翻书查看，原来奸雄曹操也有很傻很天真的时候，结果自然是查不到。带着疑惑，曹操就问孔融是从哪本书上看到的。孔融的答复让曹操怒火万丈，从今天的事联想到古人大概也是如此吧。曹操知道上了孔融的当，对孔融怀恨在心。
这以后，孔融依旧不改，还是我行我素。当时连年打仗，粮食紧张，为了节约粮食，曹操下令禁止酿酒，孔融就跳出来反对，上书争辩。虽说孔融的反对并不能阻挡曹操的法令，但也让曹操恶心了好一阵，曹操授意部下山阳高平人郗虑搜集材料弹劾孔融，并以此免去孔融少府之职。