拓跋焘亲自率军征讨。他采取分兵牵制、各个击破的策略，很快就瓦解镇压了起义军。在镇压起义军的过程中，拓跋焘对沿途响应起义的各族人民进行了残酷杀戮，这也暴露了他作为统治者的本性。
太武帝在其晚年开始让太子拓跋晃总摄国政，拓跋晃也不负重托，将国家大事处理得井井有条。但是，危机也就此埋下。拓跋焘宠信的宦官宗爱与太子不和，他见太子日渐得到太武帝的信任，怕将来太子登基后对自己不利，于是就经常在太武帝面前诬告太子想谋反。拓跋焘开始还不在意，后来听得多了，就信以为真，一怒之下就把辅佐太子的几十位大臣全部杀掉，以此警告太子。不想拓跋晃经此一吓，整日惶恐不安，竟然卧床不起，不久就病死了。
事后，拓跋焘进行了清查，发现太子并没有谋反的行为，后悔不已。为了弥补过错，他追谥拓跋晃为景穆太子，又封他的儿子拓跋濬为高阳王。此时的宗爱坐不住了，心想太武帝处理完太子的事情必然会加罪于自己，于是他趁拓跋焘醉卧于永安宫时，将其勒杀。之后，扶立与他关系密切的安南王拓跋余为帝。