六月，壬戌日，宋王抵达建康。傅亮委婉暗示晋恭帝禅位给宋王，把写好的诏书草稿呈送给晋恭帝，让他亲笔书写禅位诏书。晋恭帝非常愉快地拿起笔，对左右亲信说：“桓玄之乱的时候，晋朝已经失去了天下，之后重新被刘裕扶植起来，这才延续了二十年的统治；今天的禅位给他，是我心甘情愿的。”于是在红纸上写下禅位诏书。
丁卯日，宋王在南郊设立祭坛，即位称帝。登基典礼完毕后，乘坐皇帝的车驾从石头城进入建康皇宫。徐广悲痛哭泣，侍中谢晦对他说：“徐公你这样犯的不是小错啊。”徐广说：“你是宋朝的佐命大臣，我是晋朝遗老，悲欢之情，自然是不同的。”
刘宋武帝刘裕登临太极殿，大赦天下，改换年号。宣布凡是行为不道德，受过舆论抨击的人，一律免除罪名，使其改过自新。
尊奉晋恭帝为零陵王，对他优待尊崇的礼节，都效仿晋朝初年优待魏室的旧例，又在故秣陵县为零陵王修建宫室，派冠军将军刘遵考率兵保卫。把晋恭帝的褚皇后降为王妃。
刘宋武帝追尊父亲为孝穆皇帝，追尊母亲赵氏为孝穆皇后，尊继母萧氏为皇太后，刘宋武帝侍奉皇太后十分恭谨，当他即位的时候，皇太后年岁已高，刘宋武帝每天清晨都要去给太后请安，从未错过时刻。