霍多尔科夫斯基在2003年10月被俄罗斯检察机关逮捕。他总共面临七项指控，法官宣判其中四项罪名成立，它们分别是：欺诈侵害财产权；恶意违背法庭命令；个人逃税；同谋偷窃。
一代石油沙皇就这样为了一时的贪欲而付出了十年监禁的代价。而他创立的“尤科斯帝国”也随着“普京大帝”重组俄罗斯能源工业的宏图大愿的稳步实施而土崩瓦解。
【如梦初醒】
其实，霍多尔科夫斯基并不是简单意义上的政治下的经济牺牲品，这是他因贪欲逐步扩大而迷失方向，从而自掘坟墓的必然结果。
俄罗斯石油专家洛帕特尼科夫曾说过，除去霍多尔科夫斯基之流在政治上触犯禁条、在经济上偷逃税款等原因外，俄总检察院拿尤科斯问罪的深层原因，不仅是因为尤科斯的资产蛋糕越做越大，而且是它计划不久把40％的资产卖给美国石油巨头。这一举动将直接危害到俄罗斯国家安全，损害俄罗斯的战略利益。
原来，尤科斯公司与西伯利亚石油公司合并后，每年上缴国家的税收达俄政府财政预算的10％。尤科斯西伯石油集团一旦向美国人出让40％股权，再加上与英国BP公司合并的俄罗斯“THK石油公司”所控制的每年4000万吨石油的开采量，外国石油巨头将直接影响俄政府财政收入的20％，这将直卡俄经济主权的命门。