崇祯朝最后一次重大国策调整，悄然完成。但这次调整，埋下了四五年后明朝“亡于内，而非亡于外”的伏笔。
明末清初史学家吴修龄说：“京城有警，洪公（洪承畴）、孙公（孙传庭）一去一留，及为正计，而齐撤之以开贼生路。”这个判断无疑是正确的，如果调洪承畴入卫，而留孙传庭继续剿寇，明朝的历史极有可能被彻底改写。但现实却是，崇祯把帝国最猛的将领和部队，通通投入攘外，使得中原出现了剿寇的兵力空虚地带，义军很快“春风吹又生”，卷土重来。
《明史》记载，洪承畴、孙传庭离去后，李自成“稍得安”。李自成获得喘息机会，借用河南大饥荒的机遇，以“迎闯王，不纳粮”相号召，在河南重新聚拢起庞大的队伍。这次，明朝没有机会了。
更可悲的是，入卫不久，孙传庭蒙冤，竟被投入监狱。
帝国无人可用，而名将在牢里。
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关于孙传庭入狱的原因，已很难清晰呈现，但离不开这几个基本因素：陕西权贵的诬告，朝廷高层的内斗，以及崇祯的刚愎自用。
孙传庭曾说：“臣以痴忠，取忌当路者甚众。”因为真心为国尽忠，他得罪了太多人，隐约有不祥的预感。
孙传庭为人直率，他对当时的国策和朝政很不满，所以一直在上疏请求面见崇祯。在奏疏中，他直言：“今日之事，臣不能，谁为能者？臣不任，谁肯任者？……独是向来悠悠忽玩，夸张诞妄，虚廿余年岁月，糜几万万金钱，而秋毫罔绩，遗忧君父者何人？”已经入阁的兵部尚书杨嗣昌看到这些语句，认为孙传庭是在批评自己，加上当时京城盛传孙传庭将要取代杨嗣昌，于是他扣下孙传庭的奏疏，阻止陛见。